En la web hay algunas explicaciones del origen del término. Ésta es la más frecuente:
El origen de la palabra hincha surgió en Montevideo, Uruguay, en los albores del siglo XX. Prudencio Miguel Reyes, talabartero de profesión, había sido contratado por el Club Nacional de Football para encargarse de las labores que hoy en día son cumplidas por los utilleros. Se ocupaba entre otras cosas, de inflar (hinchar) los esféricos antes de cada partido (por aquellas épocas aún no existían máquinas para hacerlo). Reyes, además, se había vuelto un entusiasta seguidor de los "bolsos" y alentaba a su equipo con estentóreas arengas y gritos que sobresalían por encima de los de los demás fanáticos.
Los comentarios de la gente no se hicieron esperar: “Mirá cómo grita el hincha”, (por su tarea de “hinchar” las pelotas), decían. Y así fue como poco a poco el término se fue aplicando a todo aquél que durante los encuentros alentaba fogosamente a sus favoritos, cruzó rápidamente el Río de la Plata y luego se extendió al resto del mundo.
vía Yahoo Respuestas